Umieszczone wysoko pod sklepieniem nawy głównej i prezbiterium okna pochodzą z końca XIX wieku. Powstały w ramach regotyzacji świątyni, kiedy to zdecydowano się przywrócić tak wnętrzu, jak i fasadzie wygląd bardziej zbliżony do pierwotnego, zgodny z surowym duchem cysterskiej architektury. Wykonane zostały w pracowni Fryderyka Stummla z Kevelaeru, który zaprojektował wówczas również nową polichromię do wnętrza Bazyliki, o stonowanej kolorystyce i w większości abstrakcyjnych formach, tworzonych przez skromne, uporządkowane ornamenty architektoniczne, geometryczne i roślinne. Witraże, podobnie jak polichromia, pozostają zgodne z uproszczonym stylem cysterskim, prezentując tradycyjny dla niego wzór dywanowy. Jedynie potężne okna w fasadach wschodniej i zachodniej przedstawiały sceny figuralne, niestety zostały one zniszczone w czasie działań wojennych w 1945 r. (obecne pochodzą z lat 60. i 90. XX w.).
Okna witrażowe, grożące już zawaleniem, poddawane były zabiegom konserwatorskim w ramach projektu „Bazylika Katedralna w Pelplinie – renowacja i udostępnienie nowej powierzchni wystawienniczej”.
Zakończone prace odebrane zostały przez Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków w czerwcu 2020 roku.
