Dwa późnobarokowe ołtarze stojące równolegle po obu stronach nawy głównej, pw. Św. Wojciecha oraz pw. Św. Jana Nepomucena, stanowią parę bliźniaczo podobnych ołtarzy wykonanych przez słynnych sztukatorów czeskich z Pragi, kształconych w świetnych warsztatach bawarskich. Oba ufundowane w 1741 r. przez opata Leskiego i tutejszy konwent, konsekrowane zostały w 1757 r. Oba wyróżniają się rzeźbiarskim wystrojem i posiadają charakterystyczną dla późnego baroku formę, z kolumnami wychodzącymi do widza. Do kanonu ówczesnej sztuki należało również przedstawienie głównej sceny pod widowiskowo rozsuniętą kotarą-baldachimem, w czym wzorowano się na dziełach Berniniego. Wykonane są głównie ze stiuku, mieszanki szlachetnego gipsu i pyłu marmurowego, pozwalającego na łatwe kształtowanie formy, a po pomalowaniu doskonale imitującego marmur. Była to jedna z ulubionych technik epoki.
Prowadzone przy obu ołtarzach prace konserwatorskie są częścią projektu „Bazylika Katedralna w Pelplinie – renowacja i udostępnienie nowej powierzchni wystawienniczej” i trwały do III kwartału 2020 r.
Ołtarz św. Jana Nepomucena
Św. Jan Nepomucen żył w XIV w. i był praskim kanonikiem. Uwięziony podczas zatargu króla Czech z arcybiskupem, został po torturach zabity – wedle legendy dlatego, że odmówił wyjawienia sekretów powierzonych mu podczas spowiedzi przez królową, którą mąż podejrzewał o niewierność. Wokół tych dwu aspektów – męczeństwa, które zrównuje świętego z królami i tajemnicy spowiedzi, której stał się patronem – koncentruje się ikonografia jego przedstawienia: głowa ujęta jest w aureolę z pięciu gwiazd symbolizujących cnoty męczeńskie, on sam ubrany jest w strój kanonicki oraz gronostajowy płaszcz, należny królom, zaś w lewej dłoni trzyma gałązkę palmową, kolejny symbol męczeństwa. Towarzyszą mu dwa aniołki (putta): lewy wznosi berło, ponownie atrybut królewskości, prawy, z brewiarzem kapłańskim i biretem, ma palec na ustach, symbolizujący tajemnicę spowiedzi. Rzeźby boczne przedstawiają świętych imienników patrona ołtarza: Jana Chrzciciela z pasterską laską oraz Jana Ewangelistę trzymającego kielich z jadowitym wężem.
Ołtarz św. Wojciecha
Żyjący w X w. św. Wojciech był czeskim benedyktynem i biskupem praskim. Jego główną zasługą była jednak działalność misyjna – wśród Słowaków, Węgrów, Pomorzan, a w końcu Prusów, z rąk których poniósł męczeńską śmierć. To właśnie z tymi faktami – biskupstwem, misjonarstwem i męczeństwem – związana jest ikonografia ołtarza mu poświęconego. Święty dzierży krzyż metropolity i arcybiskupa. Jeden z aniołków (putto) znajdujących się u jego stóp trzyma symbol podróży Wojciecha do Prusów – wiosło, którym wedle legendy mieli go ogłuszyć. Rzeźby boczne z kolei przedstawiają innych świętych biskupów-męczenników: św. Stanisława, podobnie jak Wojciech jednego z patronów Polski oraz św. Tomasza Becketa, arcybiskupa Canterbury. Pierwszy spogląda w dół na głowę Piotrowina, który dzięki jego modłom został wskrzeszony, by zaświadczyć w sporze między biskupem a królem Bolesławem Śmiałym. Drugi przedstawiony jest z mieczem w głowie, co nawiązuje do jego śmierci w katedrze – cios w skroń zadali mu rycerze króla Henryka II, którego manipulacje piętnował.
