W południowym ramieniu transeptu, nad przejściem łączącym świątynię z klasztorem, wznoszą się barokowe organy boczne skryte za niesamowitym, monumentalnym prospektem – jednym z najpiękniejszych w północnej Europie.
Snycerka wykonana przez nieznanego artystę (niektóre źródła wspominają Mateusza Schollera z Gniewa) w latach 1677-1680, stworzona została dla organów zbudowanych w 1679 r. przez gdańskiego organomistrza Jana Jerzego Wolffa. Niezwykłe bogactwo rzeźb i płaskorzeźb zdobi wielopiętrowe dzieło: piszczałki, obramowane po bokach meandrami uszaków, wtopione są w efektowną dekorację złożoną z ornamentów roślinnych (liście akantu, girlandy), aniołków i maszkaronów. Całości dopełniają niezwykle ekspresyjne, dynamiczne rzeźby. Największe wrażenie pozostawia wieńczący prospekt wniebowstępujący Chrystus – półnagi, roztańczony, z wzniesionymi ramionami, niemal unoszący się nad obłokami, ujęty jakby w momencie podskoku odrywał się od ziemi i ziemskiej rzeczywistości. Taka forma oddania motywu Wniebowstąpienia wiąże się ze starotestamentowym obrazem króla Dawida, tańczącego w podskokach przed Arką Przymierza i wyraża radość wynikającą ze zjednoczenia z Bogiem-Ojcem.
Organy posiadają trakturę mechaniczną, 42 głosy, 3 klawiatury i pedał. W połowie XIX w. na nowo wybudowanej emporze chórowej nad głównym wejściem powstał nowy, neogotycki w stylu instrument. Od tej pory używa się właśnie jego, jako że ten barokowy nie był stanie wypełnić dźwiękiem całej świątyni.
Organy boczne zrekonstruowane zostały w 2003 r. przez Józefa i Zdzisława Mollinów z Odr. Prospekt pozostawał jednak nadal w złym stanie – widoczne były liczne uszkodzenia konstrukcji, a drewno ulegało coraz większej degradacji, miejscami wręcz osypując się. Również złocenia i srebrzenia, a także polichromia w wielu miejscach były uszkodzone, przetarte, z licznymi ubytkami. Wymagające natychmiastowej interwencji dzieło przeszło gruntowną restaurację w ramach projektu „Bazylika Katedralna w Pelplinie – renowacja i udostępnienie nowej powierzchni wystawienniczej”.
Zakończone prace zostały odebrane protokołem przez Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków w listopadzie 2019 roku.