Размещенные высоко под сводом главного нефа и пресвитерия окна относятся к концу XIX в. Окна были созданы в рамках возвращения святыне, как внутреннему устройству, так и фасаду, первоначального облика, более соответствующего духу цистерцианской архитектуры. Они были сделаны в мастерской Фридерика Штуммля из Кевелара, который также запроектировал тогда новую полихромия для внутреннего убранства базилики, в приглушенной колористике и в основном абстрактных формах, создаваемых скромными, упорядоченными архитектурными, геометрическими и растительными орнаментами. Витражи, как и полихромия, остаются в гармонии с упрощенным цистерцианским стилем, представляя традиционный для него ковровый стиль. Только массивные окна в восточном и западном фасадах представляют фигурные сцены, к сожалению, они были разрушены во время военных действий в 1945 г. (настоящие были созданы в 60-х и 90-х годах XX в.).
Витражные окна, которым уже угрожает обрушение, реставрируются в рамках проекта «Кафедральная базилика в Пельплине – реновация и предоставление новой выставочной площади». Окончание работ запланировано на I квартал 2021 г.
