В южном рукаве трансепта, над проходом, соединяющим святыню с монастырем, возносятся барочные боковые органы, скрытые за необыкновенным монументальным проспектом – одним из красивейших в Европе.
Резьба была выполнена неизвестным художником (некоторые источники называют Маттиаса Шеллера из Гнева) в 1677-1680 годах для органов, созданных в 1679 г. гданьским органным мастером Яном Ежи Вольфом. Необычайное богатство скульптур и рельефов украшает многоуровневое произведение: трубы, обрамленные по бокам меандрами выступов, утоплены в эффектном декоре, состоящем из растительных орнаментов (листья аканта, гирлянды), ангелов и маскаронов. Все это дополняют необыкновенно выразительные, динамичные скульптуры. Самое сильно впечатление производит венчающий проспект возносящийся Христос – полуобнаженный, танцующий, с приподнятыми плечами, почти поднимающийся над облаками, изображенный так, как будто бы в моменте прыжка он оторвался от земли и земной реальности. Такая форма передачи мотива Вознесения связана со старозаветным образом царя Давида, танцующего и подпрыгивающего перед Ковчегом Завета, и выражает радость от соединения с Богом Отцом.
Органы имеют механическую трактуру, 42 голоса, 3 клавиатуры и педаль. В середине XIX в. в базилике в заново построенной хоровой эмпоре над главным входом возник новый неоготический инструмент. С тех пор используется именно он, т.к. барочный орган был не в состоянии заполнить звуком всю святыню.
Боковые органы были реконструированы в 2003 г. Иосифом и Здиславом Моллинами из Одри. Но проспект оставался все еще в плохом состоянии - были заметны многочисленные повреждения конструкции, а дерево подвергалось все большему разложению, местами даже осыпаясь. Также позолота и серебрение, полихромия во многих местах были повреждены, потерты, с многочисленными повреждениями. Требующее немедленного вмешательство произведение проходит капитальную реновацию в рамках проекта «Кафедральная базилика в Пельплине – реновация и предоставление новой выставочной площади».
Завершенные работы были приняты Воеводским управлением охраны памятников в ноябре 2019 года на основании акта по сдаче-приемке выполненных работ.