Die hohen Fenster unter dem Gewölbe des Kirchenschiffs und des Presbyteriums stammen aus dem späten 19. Jahrhundert. Sie wurden im Rahmen der Regotisierung des Domes geschaffen, als beschlossen wurde, sowohl das Innere als auch die Fassade originalgetreu zu restaurieren, was dem strengen Geist der zisterziensischen Architektur entspricht. Sie wurden im Atelier von Fryderyk Stummel von Kevelaver angefertigt, der zu dieser Zeit auch ein neues Polychrom für das Innere der Basilika entwarf, mit gedämpften Farben und in den abstraktesten Formen, die durch bescheidene, ordentliche architektonische, geometrische und florale Ornamente geschaffen wurden. Glasmalereien, wie die Polychromie, folgen dem vereinfachten Zisterzienserstil und präsentieren ein für ihn typisches Teppichmuster. Nur die riesigen Fenster in der Ost- und Westfassade zeigten figürliche Szenen, die leider 1945 während des Krieges zerstört wurden (die heutigen stammen aus den 1960er und 1990er Jahren des XX. Jahrhunderts).
Die Buntglasfenster, die bereits vom Einsturz bedroht sind, werden im Rahmen des Projekts „Die Dombasilika in Pelplin – Sanierung und Eröffnung neuer Ausstellungsräume“ renoviert. Die Fertigstellung der Arbeiten ist für das erste Quartal 2021 geplant.
