Im südlichen Teil des Querschiffs, oberhalb der Passage, die die Kirche mit dem Kloster verbindet, befinden sich eine barocke Seitenorgel, die sich hinter einer beeindruckenden, monumentalen Aussicht verbirgt – einer der schönsten in Nordeuropa.
Die Holzschnitzerei wurde durch einen unbekannten Künstler (einige Quellen erwähnen Mateusz Scholler von Gniew) 1677-1680 für die 1679 von dem Danziger Organisten Jan Jerzy Wolff gebaute Orgel angefertigt. Der außergewöhnliche Reichtum an Skulpturen und Schnitzereien ziert ein mehrstöckiges Werk: Pfeifen, die an den Seiten mit Mäandern an dem Türgestell eingerahmt sind, sind in eine spektakuläre Dekoration aus Pflanzenornamenten (Akanthusblätter, Girlanden), Engeln und Maskaronen eingebettet. Das Ganze wird durch äußerst ausdrucksstarke, dynamische Skulpturen ergänzt. Den größten Eindruck macht der aufsteigende Christus – halbnackt, tanzend, die Arme erhoben, fast über den Wolken schwebend, als springe er von der Erde und der irdischen Realität weg. Diese Form der Wiedergabe des Himmelfahrtsthemas ist verbunden mit dem alttestamentlichen Bild von König David, der in den Sprüngen vor der Bundeslade tanzt, und die Freude der Vereinigung mit Gott-Vater ausdrückt.
Die Orgel hat einen mechanischen Mechanismus, 42 Stimmen, 3 Tastaturen und ein Pedal. Mitte des 19. Jahrhunderts wurde in der Basilika in der neu erbauten Chorgalerie über dem Haupteingang ein neues, neugotisches Instrument geschaffen. Seitdem wird es verwendet, da das barocke Instrument nicht in der Lage war, die gesamte Kirche mit seinem Klang zu erfüllen.
Die Seitenorgel wurde 2003 von Józef und Zdzisław Mollin aus Odr rekonstruiert. Das Prospekt war jedoch immer noch in einem schlechten Zustand – zahlreiche strukturelle Schäden waren sichtbar und das Holz verfiel immer stärker. Es fiel an einigen Stellen auseinander. Auch Vergoldungen und Versilberungen sowie mehrfarbige Arbeiten waren vielerorts beschädigt, verschlissen und mit zahlreichen Mängeln behaftet. Das Werk erfordert ein sofortiges Eingreifen und wird im Rahmen des Projekts „Dombasilika in Pelplin – Sanierung und Eröffnung neuer Ausstellungsräume“ gründlich renoviert.
Die Abnahme der abgeschlossenen Arbeiten erfolgte im November 2019 anhand des Protokolls des Denkmalschutz-Woiwodschaftsamtes.